理事会负责为香港中文大学（深圳）教育基金会的发展提供意见及协助大学筹募资金。其辖下的秘书处负责基金会拓展筹募、基金管理及日常行政工作。
第三届理事会成员
理事长
杨国华博士 香港中文大学（深圳）校长办公室主任
副理事长
徐扬生院士 香港中文大学（深圳）校长
理事
唐杰教授 深圳市原副市长，哈尔滨工业大学（深圳）经管学院教授
高文院士 北京大学教授，鹏城实验室主任
徐晨教授 深圳大学副校长
吴港平先生 承安并购主席
赵丽娟女士 汇景控股有限公司董事，香港教育大学校董会司库
李学金教授 香港中文大学（深圳）协理副校长兼科研处处长
蔡小强教授 香港中文大学（深圳）协理副校长
卢国师先生 香港中文大学（深圳）校长助理兼发展处处长
秘书长
李夏琳先生 香港中文大学（深圳）大学拓展处处长
